La Docencia ha sido desde sus inicios uno de las actividades más importantes para el IMT AvH. En 1978 inició una actividad importante de entrenamiento: el primer programa peruano de Residencia en Enfermedades Infecciosas y Tropicales.

Este programa implica participación activa en actividades de investigación de alta calidad y una exigente formación clínica. En 36 años, el IMT AvH ha capacitado a más de 60 especialistas en enfermedades infecciosas y tropicales, quienes han conformado grupos de expertos en enfermedades prevalentes como VIH, tuberculosis o malaria.