Durante los últimos 53 años, el IMT AvH ha llevado a cabo investigación en diversos campos de la infectología y medicina tropical, produciendo importantes avances en el conocimiento científico, representado en más de 800 publicaciones en revistas indexadas de alto impacto, que actualmente suman alrededor de 80 publicaciones revisadas por pares por año. La mayoría de las publicaciones se han logrado a través de la colaboración con las instituciones nacionales e internacionales las cuales han permitido establecer un intercambio científico y de formación de alta calidad para profesionales de todo el mundo.
Esta colaboración además ha permitido establecer un intercambio científico de estudiantes e investigadores jóvenes de nuestro instituto con investigadores de diferentes instituciones de todo el mundo. Esto también ha permitido que los investigadores del IMTAvH hayan participado de distintos congresos; además de conformar paneles de expertos en temas de salud pública importantes a nivel nacional e internacional.
La asociación con programas de otros países posibilita la difusión de la labor del Instituto más allá de nuestras fronteras. Nuestros investigadores mantienen una estrecha colaboración con laboratorios y centros de investigación de América Latina, Estados Unidos, Bélgica, Canadá, Alemania, Francia, Inglaterra, Italia, España y Holanda. Esta colaboración se da especialmente en las áreas de investigación y formación de personal.
 | Institute of Tropical Medicine Antwerp (ITM) | https://www.itg.be/ |
 | University of Antwerp (UAntwerp) | https://www.uantwerpen.be/en/ |
 | The University of Texas Medical Branch (UTMB) | https://www.utmb.edu/ |
 | The University of Texas Health Science Center at Houston (UT Health) | https://www.uth.edu/ |
 | Vanderbilt School of Medicine | https://medschool.vanderbilt.edu/ |
 | John Hopkins School of Medicine | https://www.hopkinsmedicine.org/som/ |
 | Yale School of Public Health | https://publichealth.yale.edu/ |
 | Centers for Disease Control and Prevention (CDC) | https://www.cdc.gov/ |
 | The University of Alabama at Birmingham (UAB) | https://www.uab.edu/ |
 | University of Washington (UW) | https://www.washington.edu/ |
| London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM) | https://www.lshtm.ac.uk/ | |
| Miyazaki University | http://www.med.miyazaki-u.ac.jp/home/english/ | |
| University of California San Diego (UCSD) | https://ucsd.edu/ | |
| Heilderberg University | https://www.uni-heidelberg.de/de | |
| Frankfurt University | https://www.kgu.de/ | |
| Charité – Universitatsmedizin Berlitn | https://www.charite.de/ | |
| McGill University | https://www.mcgill.ca/ | |
| Tulane University | https://tulane.edu/ | |
| Naval Medical Research Unit – 6 | https://www.med.navy.mil/sites/nmrc/pages/nmrcd.htm | |
| National Institutes of Health (NIH) | https://www.nih.gov/ | |
| Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND) | https://www.finddx.org/ | |
| TDR – World Health Organization (WHO) | https://www.who.int/tdr/en/ | |
| Imperial College London (ICL) | https://www.imperial.a | |
 | KU Leuven | https://www.kuleuven.be/lang/espanol |
 | Universita Degli Studi Firenze (UniFl) | https://www.unifi.it/changelang-eng.html |
| Hospital Cayetano Heredia (HCH) | http://www.hospitalcayetano.gob.pe/ | |
| | Pontificia Universidad Católica del Perú (PUCP) | https://www.pucp.edu.pe/ |
| | Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) | https://www.unmsm.edu.pe/ |
| | Instituto Nacional de Salud (INS) | https://web.ins.gob.pe/ |
| | Ministerio de Salud (MINSA) | https://www.gob.pe/minsa |
| Universidad Nacional de la Amazonía Peruana | https://www.unapiquitos.edu.pe/ | |
| | Instituto de Investigacion Nutricional (IIN) | http://www.iin.sld.pe/ |
| Fondecyt | http://www.cienciactiva.gob.pe/ | |
| Gobierto Regional de Loreto | https://www.regionloreto.gob.pe/ |