El Instituto está ubicado en el Hospital Nacional Cayetano Heredia, hospital docente de la UPCH. Comparte local e instalaciones del Departamento de Enfermedades Transmisibles y Dermatológicas del Hospital, donde se han levantado una serie de edificios: el principal alberga la sala de hospitalización (36 pacientes), biblioteca, servicio social y algunas oficinas, oficinas de recepción y ambulatorio y laboratorios. Además se cuenta con una sección de consulta externa para dermatología y enfermedades de transmisión sexual en una construcción separada, un aula-auditorio, una nueva sección para el diagnóstico y tratamiento de la leishmaniasis, una instalación BSL-3 para Brucella; y la unidad de tuberculosis.
Actualmente contamos con 12 laboratorios y 8 unidades de investigación.
| Laboratorios | Unidades |
| Biología Molecular y Tripanosomátidos | Epidemiologia Molecular |
| Enfermedades Entéricas, Nutrición y Resistencia Antimicrobiana | HTLV-1 |
| Infectología Pediátrica | Dermatología |
| Inmunología | Leishmania y Malaria |
| Innovación en Salud | Tuberculosis |
| Laboratorio Centinela de Helicobacter Pylori | VIH |
| Malaria | Virología |
| Micología | Centro de Investigación Internacional de Excelencia en Malaria |
| Microbiología Molecular | |
| Microbiología Experimental | |
| Parasitología | |
| Protozoarios y Endosimbiontes Patógenos |
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Adicionalmente a nuestras instalaciones, contamos con laboratorios dentro del edificio de Laboratorios de Investigación y Desarrollo (LID) en la Facultad de Ciencias y Filosofía de la Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH) ubicado en la Sede San Martín de Porres:
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INSTALACIONES
| Hospitalización | |
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Sala "R. Patrucco - W. Gorgas" |
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Biblioteca |
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Auditorio |
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Jardín de Entrada |
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Jardín Posterior |
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